Что такое формат файла SVS?
Файлы .svs представляют собой виртуальные предметные стекла Aperio ScanScope - это огромные многослойные изображения целых слайдов, созданные цифровыми патологическими сканерами Aperio (ныне Leica Biosystems). Формат построен на стандарте контейнера TIFF, расширенном в виде многодиректорийной пирамиды: файл хранит отсканированную ткань в полном разрешении вместе с уровнями прогрессивного уменьшения, что позволяет эффективно панорамировать и масштабировать изображение при любом увеличении без загрузки всего гигапиксельного снимка в память.
Типичный файл .svs при сканировании целого слайда с увеличением 40x занимает от 500 МБ до более чем 5 ГБ. Слой полного разрешения хранится в виде тайлов (плиток), сжатых по алгоритму JPEG (примерно 240×240 пикселей), за которыми следуют уровни пирамиды, миниатюра, изображение этикетки (фотография физической наклейки на стекле) и макроизображение. Метаданные - модель сканера, увеличение, микроны на пиксель (MPP), тип окрашивания и дата сканирования - встроены в тег TIFF ImageDescription в виде строки заголовка Aperio Image Library.
Формат является проприетарным и официально не документирован Leica Biosystems, но библиотека OpenSlide обеспечивает открытый доступ для чтения в Windows, Linux и macOS. Файлы .svs широко используются в вычислительной патологии и исследованиях рака с применением AI/ML. В клинической практике все чаще отдают предпочтение DICOM WSI (Supplement 145) или OME-TIFF как открытым и совместимым альтернативам.
Безопасность и защита
РИСК: LOWФайлы данных изображений; не являются исполняемыми. Очень большие размеры файлов могут вызвать проблемы в системах, не предназначенных для гигапиксельных изображений. Известных векторов вредоносного ПО для формата SVS нет.
Детали формата
в двух словах- Автосохранение таблицы стилей Microsoft Word - Устаревшие версии Word для DOS/Windows 3.x использовали расширение .svs для временных файлов автосохранения таблиц стилей; совершенно не связано и не актуально.
Программы, открывающие файлы SVS
Windows3 apps
QuPath
Открытый код File → Open → выберите файл .svs. QuPath использует OpenSlide для чтения и предоставляет инструменты для аннотирования, измерения и анализа с помощью ИИ.
Aperio ImageScope
Бесплатно File → Open Slide → выберите файл .svs. Официальный просмотрщик от Leica с полным отображением метаданных и поддержкой аннотаций.
3DHISTECH CaseViewer
Бесплатно Открывайте файлы SVS через File → Open; поддерживает мультиформатные WSI, включая SVS. 
macOS1 app
QuPath
Открытый код File → Open → выберите файл .svs. QuPath использует OpenSlide для чтения и предоставляет инструменты для аннотирования, измерения и анализа с помощью ИИ. 
Linux1 app
QuPath
Открытый код File → Open → выберите файл .svs. QuPath использует OpenSlide для чтения и предоставляет инструменты для аннотирования, измерения и анализа с помощью ИИ.
OMERO (institutional server)
Открытый код Загрузите SVS на сервер OMERO; просматривайте в браузере через OMERO.web. Требуется корпоративное развертывание. Технические подробности
глубокая спецификация| Разработчик | Aperio Technologies (приобретена Leica Biosystems в 2012 году) |
| Базовый контейнер | BigTIFF / многодиректорийная пирамида TIFF |
| Сигнатура (Magic bytes) | II*\0 (49 49 2A 00) - little-endian TIFF; SVS идентифицируется по тегу ImageDescription, содержащему «Aperio Image Library» |
| Порядок байтов | Little-endian |
| Сжатие | JPEG (тайловое полное разрешение и уровни пирамиды); LZW или без сжатия (изображения этикетки и макро) |
| Размер тайла | Обычно 240×240 пикселей при полном разрешении |
| Глубина цвета | 24 bpp RGB (гистология H&E); 8 bpp в оттенках серого (флуоресцентная визуализация) |
| Типичный размер файла | 500 МБ - 5 ГБ на один скан целого слайда 40x |
| Максимальные размеры изображения | Примерно до 200 000×100 000 пикселей (полный слайд 40x) |
| Расположение метаданных | Тег TIFF ImageDescription: версия Aperio Image Library, модель сканера, увеличение, MPP, окрашивание, дата сканирования |
| Библиотека для чтения (Open-source) | Библиотека OpenSlide (кроссплатформенная, реверс-инжиниринг; только чтение) |
| Основная сфера применения | Цифровая патология, вычислительная патология, исследования рака AI/ML |
| Структура пирамиды | Полное разрешение + промежуточные уменьшенные копии + миниатюра (~1024×768) + изображение этикетки + макроизображение |
| Открытые альтернативы | DICOM WSI (Supplement 145) для клинического использования; OME-TIFF для совместимости в исследованиях |
| Выпущен | Early 2000s (Aperio ScanScope scanners) |
| Последняя версия | Aperio SVS v2 (internal versioning; no public version history) |
| Спецификация | openslide.org |
Конвертации SVS
Вопросы и ответы сообщества
спрошено пользователямиВопросов пока нет - станьте первым, кто спросит о файлах SVS.
