Co to jest format pliku SVS?
Pliki .svs to obrazy Aperio ScanScope Virtual Slide - wielowarstwowe obrazy całych preparatów o wysokiej rozdzielczości, tworzone przez skanery patologii cyfrowej Aperio (obecnie Leica Biosystems). Format ten opiera się na standardzie kontenera TIFF, rozszerzonym o strukturę piramidy wielokatalogowej: plik przechowuje skan tkanki w pełnej rozdzielczości wraz z poziomami o stopniowo zmniejszanej rozdzielczości, co umożliwia wydajne przesuwanie i powiększanie przy dowolnym powiększeniu bez konieczności ładowania całego gigapikselowego obrazu do pamięci RAM.
Typowy plik .svs ze skanu 40x całego preparatu ma rozmiar od 500 MB do ponad 5 GB. Warstwa o pełnej rozdzielczości jest przechowywana jako kafelki skompresowane metodą JPEG (około 240×240 pikseli), a następnie poziomy piramidy, miniatura, obraz etykiety (zdjęcie fizycznej etykiety szkiełka) oraz obraz makro. Metadane - model skanera, powiększenie, mikrony na piksel (MPP), typ barwienia i data skanowania - są osadzone w tagu TIFF ImageDescription jako ciąg nagłówka Aperio Image Library.
Format jest własnościowy i nie posiada oficjalnej dokumentacji od Leica Biosystems, ale biblioteka OpenSlide zapewnia otwartoźródłowy dostęp do odczytu w systemach Windows, Linux i macOS. Pliki .svs są szeroko stosowane w patologii obliczeniowej oraz badaniach nad rakiem z wykorzystaniem AI/ML. W zastosowaniach klinicznych coraz częściej preferowane są formaty DICOM WSI (Supplement 145) lub OME-TIFF jako otwarte, interoperacyjne alternatywy.
Bezpieczeństwo
RYZYKO: LOWPliki danych obrazu; nie są wykonywalne. Bardzo duże rozmiary plików mogą powodować problemy w systemach nieprzystosowanych do obrazów gigapikselowych. Brak znanych wektorów złośliwego oprogramowania dla formatu SVS.
Szczegóły formatu
w pigułce- Microsoft Word Style Sheet Autosave - Starsze wersje Word dla DOS/Windows 3.x używały rozszerzenia .svs dla plików tymczasowych autozapisu arkuszy stylów; całkowicie niepowiązane i przestarzałe.
Programy otwierające pliki SVS
Windows3 apps
QuPath
Open-source File → Open → wybierz plik .svs. QuPath używa OpenSlide do odczytu i oferuje narzędzia do adnotacji, pomiarów oraz analizy AI.
Aperio ImageScope
Darmowy File → Open Slide → wybierz plik .svs. Oficjalna przeglądarka Leica z pełnym wyświetlaniem metadanych i obsługą adnotacji.
3DHISTECH CaseViewer
Darmowy Otwieraj pliki SVS przez File → Open; obsługuje wieloformatowe WSI, w tym SVS. 
macOS1 app
QuPath
Open-source File → Open → wybierz plik .svs. QuPath używa OpenSlide do odczytu i oferuje narzędzia do adnotacji, pomiarów oraz analizy AI. 
Linux1 app
QuPath
Open-source File → Open → wybierz plik .svs. QuPath używa OpenSlide do odczytu i oferuje narzędzia do adnotacji, pomiarów oraz analizy AI.
OMERO (institutional server)
Open-source Prześlij SVS na serwer OMERO; przeglądaj w przeglądarce przez OMERO.web. Wymaga wdrożenia instytucjonalnego. Szczegóły techniczne
specyfikacja| Deweloper | Aperio Technologies (przejęte przez Leica Biosystems w 2012 r.) |
| Kontener bazowy | BigTIFF / wielokatalogowa piramida TIFF |
| Magic bytes | II*\0 (49 49 2A 00) - little-endian TIFF; SVS identyfikowany przez tag ImageDescription zawierający „Aperio Image Library” |
| Kolejność bajtów | Little-endian |
| Kompresja | JPEG (kafelki pełnej rozdzielczości i poziomy piramidy); LZW lub bez kompresji (obrazy etykiety i makro) |
| Rozmiar kafelka | Zazwyczaj 240×240 pikseli w pełnej rozdzielczości |
| Głębia koloru | 24 bpp RGB (histologia H&E); 8 bpp skala szarości (obrazowanie fluorescencyjne) |
| Typowy rozmiar pliku | 500 MB - 5 GB na skan całego preparatu 40x |
| Maksymalne wymiary obrazu | Do około 200 000×100 000 pikseli (pełny preparat 40x) |
| Lokalizacja metadanych | Tag TIFF ImageDescription: wersja Aperio Image Library, model skanera, powiększenie, MPP, barwienie, data skanowania |
| Otwartoźródłowy czytnik | Biblioteka OpenSlide (wieloplatformowa, inżynieria wsteczna; tylko do odczytu) |
| Główna dziedzina zastosowań | Patologia cyfrowa, patologia obliczeniowa, badania nad rakiem AI/ML |
| Struktura piramidy | Pełna rozdzielczość + pośrednie poziomy pomniejszone + miniatura (~1024×768) + obraz etykiety + obraz makro |
| Otwarte alternatywy standardowe | DICOM WSI (Supplement 145) do użytku klinicznego; OME-TIFF dla interoperacyjności badawczej |
| Wydano | Early 2000s (Aperio ScanScope scanners) |
| Najnowsza wersja | Aperio SVS v2 (internal versioning; no public version history) |
| Specyfikacja | openslide.org |
Konwersje SVS
Pytania i odpowiedzi społeczności
pytania użytkownikówBrak pytań - bądź pierwszą osobą, która zapyta o pliki SVS.
