FASTA ファイル

.fasta フォーマットは、バイオインフォマティクスデータファイルのカテゴリに属します。.fasta ファイルの内容には遺伝データの配列が含まれます。これらには DNA や RNA の構造に関する情報だけでなく、タンパク質の構造に関する情報も含まれます。内容は、この標準に固有のレイアウトで整理されています。特徴的な機能の1つは、識別子と記述的なアノテーションを記録できる > ヘッダー行（デフラインと呼ばれます）です。各ヘッダーの後には、IUPAC 塩基またはアミノ酸コードを使用した1行以上の生の配列文字が続きます。

.fasta ファイルは1つのファイルに大量の配列を保存できるため、マルチ .fasta ファイルはリファレンスデータベースとしてよく使用されます。これらの情報はすべて、遺伝子解析用の専門プログラムによって使用されます。.fasta フォーマットのおかげで、DNA 比較テストや遺伝子構造の進化に関する研究を行うことができます。

.fasta は識別子と生の配列のみを保存し、クオリティスコアや豊富なアノテーションは保持しないため、補完的なフォーマットが併用されることがよくあります。.fastq ファイルはシーケンシングリードの塩基ごとのクオリティスコアを追加し、GenBankファイル は完全な機能アノテーションを保持します。このフォーマットは、William R. Pearson と David J. Lipman によって彼らの FASTA 配列比較プログラムのために開発され、それ以来、世界中のツールやデータベースで生物学的配列を共有するためのベースラインとなるプレーンテキスト標準となっています。

一般的なバリアント拡張子には、.fa、.fna（核酸配列）、.faa（アミノ酸配列）、.ffn（コード領域配列）などがあります。