Что такое формат файла EDF?
.edf (European Data Format) - это открытый стандарт для обмена и хранения многоканальных временных рядов биосигналов: записей ЭЭГ, ЭМГ, ЭКГ и полисомнографии. Разработанный Бобом Кемпом и его коллегами и впервые опубликованный в 1992 году, он был задуман как простой, независимый от приложений способ обмена физиологическими записями между больницами и исследовательскими группами по всему миру.
Каждый файл .edf имеет раздел заголовка, содержащий метаданные файла: идентификацию пациента, дату и время записи, количество сигналов и информацию по каждому каналу, включая диапазоны физического и цифрового масштабирования и частоту дискретизации. Вторая часть файла содержит данные биосигналов в бинарном формате в виде 16-битных целых чисел со знаком, организованных в записи данных фиксированной длины. Файлы начинаются с 8-байтового поля ASCII "0 " (цифра ноль, за которой следуют семь пробелов) - идентифицирующей магической сигнатуры формата.
EDF является открытым непатентованным форматом со свободно опубликованной спецификацией. Обновленная версия, EDF+, добавляет некоторые новые функции - аннотации, маркеры событий и прерывистые записи, - но по-прежнему использует то же расширение .edf. Родственный формат BDF является 24-битным вариантом, используемым усилителями BioSemi, в то время как GDF (General Data Format) расширяет EDF более информативным заголовком.
Формат широко поддерживается в клиническом и исследовательском программном обеспечении, включая EDFbrowser, MNE-Python, EEGLAB и FieldTrip. Некоторые файлы, особенно со старых регистраторов полисомнографии, вместо этого имеют расширение .rec.
Безопасность и защита
РИСК: LOWФайл .edf представляет собой пассивные данные измерений и не может исполняться, поэтому его безопасно открывать в просмотрщике. Реальную проблему представляет конфиденциальность: заголовки клинических EDF/EDF+ могут содержать имя пациента, ID и дату записи - относитесь к медицинским записям как к конфиденциальным персональным данным и анонимизируйте их (EDFbrowser может очистить поля пациента) перед отправкой. Если текстовый редактор показывает только абракадабру после читаемого заголовка, это нормально (тело сигнала бинарное) - или у вас может быть несвязанный тип .edf от RF Online / ESRF, для которого требуется другое ПО.
Детали формата
в двух словах- Файл данных игры RF Online - Некоторые инсталляции MMORPG RF Online используют файлы .edf для игровых данных; открываются только игрой, а не инструментами для биосигналов.
- ESRF Data Format (изображение EDF) - Европейский синхротрон (ESRF) хранит 2D-изображения детекторов в формате .edf (заголовок ASCII + бинарные пиксели), читаемом инструментами Fit2D / silx / SAXS.
Программы, открывающие файлы EDF
Windows3 apps
EDFExplorer
Открытый код Старый просмотрщик EDF с открытым исходным кодом; открывает и проверяет заголовки и сигналы .edf. (В значительной степени вытеснен EDFbrowser - проверьте сборку).
EDFbrowser
Открытый код Открывайте .edf для просмотра всех трасс сигналов, масштабирования/прокрутки, чтения аннотаций и экспорта в CSV/ASCII или подмножества EDF. Лучший бесплатный выбор.
Polyman / EDF viewer (edfplus.info)
Бесплатно Загрузите бесплатный просмотрщик EDF/EDF+ с официального сайта формата для отображения записей и оценки сна. 
macOS2 apps
EDFbrowser
Открытый код Открывайте .edf для просмотра всех трасс сигналов, масштабирования/прокрутки, чтения аннотаций и экспорта в CSV/ASCII или подмножества EDF. Лучший бесплатный выбор.
MNE-Python (Anaconda)
Открытый код mne.io.read_raw_edf('file.edf') - загрузка, построение графиков и программный анализ сигналов ЭЭГ/МЭГ. Для аналитиков и исследователей. 
Linux2 apps
EDFbrowser
Открытый код Открывайте .edf для просмотра всех трасс сигналов, масштабирования/прокрутки, чтения аннотаций и экспорта в CSV/ASCII или подмножества EDF. Лучший бесплатный выбор.
Online EDF Viewer
Бесплатно Откройте страницу и загрузите .edf локально в браузере для предварительного просмотра трасс сигналов - установка не требуется. Обработка остается на стороне клиента. Технические подробности
глубокая спецификация| Структура файла | 256-байтовый глобальный заголовок ASCII + 256 байт на сигнал × количество сигналов, за которыми следуют непрерывные бинарные записи данных |
| Кодирование образцов | 16-битные целые числа со знаком, little-endian, одно значение на образец на канал |
| Кодирование заголовка | Чистый ASCII; все поля заголовка имеют фиксированную ширину и дополнены пробелами - нулевые байты в заголовке не встречаются |
| Магические байты | 0x30, за которым следуют семь байтов 0x20 со смещением 0 - ASCII «0 » (цифра ноль и семь пробелов) |
| MIME-тип | application/octet-stream |
| Поддерживаемые типы сигналов | ЭЭГ, ЭМГ, ЭКГ, ЭОГ, температура тела, кислород в крови, дыхательные усилия и любые временные ряды биосигналов |
| Каналов в файле | До 9 999 сигналов; каждый канал независимо определяет свою частоту дискретизации и физическую единицу измерения |
| Поля заголовка канала | Метка сигнала, тип датчика, физическая размерность (единица), физический мин/макс, цифровой мин/макс, информация о предварительной фильтрации, количество образцов в записи данных |
| Физико-цифровое сопоставление | Линейное масштабирование, определяемое для каждого канала через (digital_min, digital_max, physical_min, physical_max); разрешение = (physical_max − physical_min) / 65536 |
| Трек аннотаций EDF+ | Зарезервированный канал с меткой «EDF Annotations» хранит TAL (Time-stamped Annotations Lists) как текстовые события UTF-8 с указанием начала, длительности и описания |
| Прерывистая запись | Базовый EDF требует непрерывных данных; EDF+ добавляет подтипы EDF+C (непрерывный) и EDF+D (прерывистый), помеченные в зарезервированном поле заголовка |
| Альтернативное расширение | .rec - используется некоторыми старыми регистраторами полисомнографии для файлов в идентичном бинарном формате EDF |
| Родственные форматы | BDF (24-битный вариант BioSemi, магия 0xFF + «BIOSEMI»); GDF v1/v2 (General Data Format, обратно совместимое расширение EDF) |
| Поддержка ПО | EDFbrowser, MNE-Python, EEGLAB, FieldTrip, Polyman, BrainVision Analyzer (импорт), MATLAB Biosig toolbox |
| Выпущен | 1992 (EDF); EDF+ in 2003 |
| Открыть стандартное | Да · без роялти |
| Спецификация | www.edfplus.info |
Конвертации EDF
Вопросы и ответы сообщества
спрошено пользователямиВопросов пока нет - станьте первым, кто спросит о файлах EDF.
